Khu vực Zell am See liên tục có đông dân cư từ thời La Mã. Khoảng năm 740 sau Công nguyên, theo lệnh của giám mục Johannes của Salzburg, các tu sĩ đã thành lập ngôi làng trong vùng thuộc công tước xứ Bayern, được nhắc đến với cái tên Cella ở Bisonzio trong chứng thư 743. Ký hiệu Cella hoặc tiếng Đức: Zelle đề cập đến phòng nhỏ của một nhà tu theo nghĩa của một tu viện, Bisonzio là tên của vùng Pinzgau. Zell nhận được quyền của một thị xã được lập chợ vào năm 1357. Trong cuộc Chiến tranh Nông dân Đức năm 1526, khu vực này là nơi chiến đấu dữ dội chống lại quân đội của Liên minh Schwaben. Công dân Zell am See đã không tham gia vào cuộc nổi dậy, tuy nhiên 200 năm sau, nhiều cư dân Tin lành đã bị trục xuất khỏi Salzburg theo lệnh của Tổng Giám mục Công tước Leopold Anton von Firmian.

Từ năm 1800, thị trấn bị quân đội Pháp chiếm đóng trong Chiến tranh Napoléon. Sau khi thế tục hóa Tổng Giáo phận Salzburg, "Zell am See" cuối cùng đã được giao cho Đế quốc Áo theo nghị quyết của Đại hội Vienna năm 1816. Vào năm 1850, khi thị xã láng giềng Saalfelden trở thành thủ phủ của quận Pinzgau, thị trưởng của thị trấn đã phấn đấu thành công chuyển vị trí hành chính sang Zell. Sự phát triển của thị trấn đã được thúc đẩy một cách quyết định bằng việc khai trương tuyến đường sắt Salzburg-Tyrol (Giselabahn) vào ngày 30 tháng 7 năm 1875, bắt đầu mùa du lịch hè hàng năm. Zell am See nhận được quyền thành phố vào ngày 24 tháng 1 năm 1928.